Científicos de Australia y Reino Unido han realizado un análisis en profundidad de cien genomas de cáncer de páncreas y han identificado cuatro subtipos que pueden ayudar a guiar el futuro tratamiento del paciente, como revelan los propios expertos en un artículo que se publica en la revista 'Nature'.
Mediante el uso de la secuenciación del genoma, el equipo reveló patrones amplios de 'variación estructural' o cambio, algo previamente invisible cuando se podían secuenciar sólo los genes codificadores de proteínas (en torno al 1 por ciento del genoma). Así como las imágenes por satélite nos permiten ver la Tierra como un todo y podemos realizar un zoom ampliar los detalles, la secuenciación del genoma permite ver el daño del ADN global y local con la misma eficacia.
Al igual que las masas de tierra o plataformas de hielo, los cromosomas enteros pueden romperse y reorganizarse. Bloques de ADN pueden separarse de un cromosoma y unirse a otro y los genes se pueden invertir, eliminar o multiplicar. Con el beneficio de una visión global, se detectaron cuatro tipos de reordenación genómica en el nuevo estudio: 'estable', 'reorganizada localmente', 'dispersa' e 'inestable'. En algunos casos, en particular los genomas 'inestables', los cuales muestran los mecanismos de reparación del ADN defectuoso, ellos mismos sugirieron tratamientos eficaces.
Un estudio previo por parte del mismo equipo, que examinó sólo los 'exomas' --genes codificadores de proteínas-- dentro de la misma cohorte de cien pacientes, mostró un complejo paisaje mutacional, así como una enorme heterogeneidad entre los tumores. Miles de genes mutados estaban presentes, y 'una larga cola con dominio de genes mutados con poca frecuencia', detalla uno de los líderes del trabajo, el profesor Andrew Biankin, jefe de laboratorio en el Instituto Garvan de investigación Médica en Sydney, Australia.
'La conclusión es que realmente tenemos que empezar a pensar en cambios en la secuenciación del genoma como un imperativo de diagnóstico. Los pacientes de nuestra cohorte dieron su consentimiento antes de la operación y hemos sido capaces de realizar un seguimiento de su progreso, comparando su supervivencia con los diversos tratamientos que se les dieron. La secuenciación del genoma nos dio una imagen mucho más clara que antes. Hemos sido capaces de reflejar nuestro análisis en los pacientes y empezar a ver mejor relación entre lecturas, terapias y resultados', añade.
'Muchos tipos diferentes de eventos catastróficos puede suceder en un genoma del cáncer. Se pueden describir en términos generales y de forma genérica, como acontecimientos geográficos, como 'volcán', 'terremoto' o 'tormenta'. Nunca seremos testigo de dos volcanes idénticos o dos terremotos idénticos, pero hay suficiente similitud para agruparlos. Cuando se secuencia un genoma, se puede decir si se ha producido un volcán, terremoto o una tormenta local, metafóricamente hablando, por supuesto', explica.
Y continúa: 'Cuando sólo se secuencian exomas, es posible que ver un árbol caído, pero no saber si se ha caído como resultado de un terremoto, una tormenta u otro factor desconocido'. Una pista prometedora de este estudio fue la sugerencia de que los pacientes con genomas 'inestables' tienden a responder bien a los medicamentos a base de platino, que dañan el ADN o, potencialmente, a los inhibidores de PARP más nuevos, que impiden que las células reparen el ADN'.
'Mientras que el genoma del cáncer se daña de una manera lenta biológicamente, se daña de una manera que le da una ventaja de supervivencia', afirma Biankin. 'Si se induce aún más daño, la célula no será capaz de repararse a sí misma en la forma en que lo hace una célula normal y morirá. Ésa es la idea de los agentes que dañan el ADN en el cáncer', añade.
Biankin lideró el trabajo junto a Sean Grimmond, jefe de laboratorio en el Instituto de Biociencia Molecular (IMB) de la Universidad de Queensland. Ambos están ahora en el Centro de Investigación del Cáncer Wolfson Wohl, que forma parte de la Universidad de Glasgow, en Escocia, y colaboraron con el bioinformático Nicola Waddell de IMB, quien interpretó los resultados de la secuenciación.