Con el uso de la secuenciación del ADN para definir la resistencia a los antibióticos en la infección, investigadores han conseguido un tiempo de respuestas de la muestra de menos de cuatro horas en el caso de las infecciones del tracto urinario (ITU), como se detalla en un artículo publicado en 'Journal of Antimicrobial Chemotherapy'.
El dispositivo de nanoporos 'MinION' está siendo investigado por la Universidad de East Anglia (UEA), en Reino Unido, como una forma de acelerar la investigación de las infecciones, incluyendo infecciones del tracto urinario, una de las razones más comunes por las que se prescriben antibióticos a los pacientes.
Los métodos de cultivo tradicionales tardan entre dos y tres días caracterizar bacterias y poner a prueba sus resistencias antimicrobianas a partir de una muestra de orina. Los primeros resultados del método del grupo de UEA mostraron que el dispositivo con tecnología de nanoporos de Oxford puede identificar bacterias y predecir sus resistencias antimicrobianas en sólo 12 horas a partir de una muestra de orina. Esto ahora se ha reducido a tan sólo cuatro horas.
Aunque la mayoría de las infecciones urinarias son leves, los casos graves pueden llevar a la hospitalización. En el peor de los casos, las bacterias pueden entrar en el torrente sanguíneo causando sepsis urinaria, un trastorno que pone en riesgo la vida. En este caso, son vitales los antibióticos y deben recibirse con urgencia.
Una predicción más rápida de si la ITU es causada por un tipo altamente resistente de bacterias permitirá adaptar de manera precisa el tratamiento. El paciente recibirá un antibiótico que es seguro que resulte eficaz en contra de su patógeno y se administrarán mejor los antibióticos en las sociedades con recursos limitados. También ayudará en la lucha contra la creciente resistencia a los antibióticos, uno de los mayores desafíos a los que se enfrenta la sociedad actual.
Identificar el patógeno rápidamente, clave para un buen tratamiento
Como se destacó en el informe O'Neill en mayo de este año, el uso excesivo de antimicrobianos y el consiguiente aumento de la resistencia a los antibióticos podría --si todos los antibióticos fallan-- conducir a la pérdida de 10 millones de vidas al año 2050 si no se toman medidas. Este informe encargado por el Gobierno británico hace hincapié en el potencial de los diagnósticos rápidos para mejorar el tratamiento y el manejo racional de antibióticos y reclama a los gobiernos de los países más ricos que de aquí a 2020, todas las prescripciones de antibióticos sean justificadas con información y una prueba diagnóstica rápida.
El profesor David Livermore, de la Escuela de Medicina Norwich de la UEA, explica: 'La identificación de patógenos específicos y la resistencia a los antibióticos tan pronto como sea posible es la clave para reducir el número de pacientes que están 'sobre-tratados' con antibióticos de amplio espectro a la espera de los resultados del laboratorio, un proceso que actualmente tarda un par de días'.
'Este enfoque de 'bombardeo masivo' --dar un antibiótico de amplio espectro mientras se esperan los resultados-- lleva a la mala administración de antibióticos. Es vital que vayamos más allá. La forma de hacerlo consiste en acelerar la investigación de laboratorio. De esta forma, el tratamiento puede afinarse antes. Esto beneficiará al paciente, que tomará un antibiótico eficaz, y la sociedad, cuya disminución estándar de antibióticos era mejor gestionada'.
Los resultados, publicados en la edición de 'Journal of Antimicrobial Chemotherapy', mostraron que la secuenciación de nanoporos 'MinION'puede acelerar significativamente el diagnóstico y los perfiles de resistencia, la correcta identificación de patógenos y los genes de resistencia adquiridos sin cultivo.
El doctor Justin O'Grady, de la Escuela de Medicina de Norwich, en Reino Unido, resalta: 'Este estudio es el primero en utilizar la secuenciación 'MinION' para el rápido diagnóstico de patógenos y la resistencia a los antimicrobianos en muestras clínicas, sin hacerlas crecer. Las mejoras en la tecnología de secuenciación, análisis de datos y preparación de la muestra significa que hemos reducido el tiempo de respuesta a cuatro horas. Obtener los resultados tan rápido permitiría a los médicos ajustar el tratamiento antimicrobiano muy pronto'.
En el estudio, se retiraron las células humanas de las muestras de orina de los pacientes y se recuperaron las bacterias, secuenciándose su ADN con 'MinION'. Se analizaron las secuencias y se compraron los resultados con los de cultivo estándar y pruebas de sensibilidad a los antibióticos.
'Se identificó de forma fiable tanto el tipo de bacterias como los genes de resistencia adquiridos, igual que con las pruebas de laboratorio convencional', destaca O'Grady. 'Sin embargo, sigue habiendo problemas. El enfoque es actualmente el más adecuado para los casos difíciles, pero la mejora de la administración de antibióticos en los hospitales requiere que los nuevos métodos de diagnóstico se desplieguen ampliamente'.
'Nuestro método requiere actualmente orina fuertemente infectada y nuestro análisis rápido aún no puede predecir esas resistencias que surgen por mutación --cambios en los genes existentes--. Pero la tecnología se está desarrollando rápidamente y esperamos que supere superar estas limitaciones en un futuro próximo', relata.