En respuesta al brote en curso sin precedentes de la enfermedad del virus del ébola (EVD) en África occidental, un equipo de científicos ha secuenciado y analizado más de 99 genomas del virus, detectando más de 300 cambios genéticos que hacen que sus genomas sean distintos de brotes previos.
Los investigadores, del Instituto Broad y la Universidad de Harvard, en Estados Unidos, en colaboración con el Ministerio de Salud y Saneamiento de Sierra Leona e investigadores a través de distintas instituciones y continentes, secuenciaron 99 genomas de virus de ébola recogidos de 78 pacientes con diagnóstico de ébola en Sierra Leona durante los primeros 24 días del brote (una parte de los pacientes proporcionó muestras más de una vez, lo que permite a los investigadores tener una visión más clara de cómo el virus puede cambiar en un solo individuo en el curso de la infección).
El equipo, que publica sus resultados en la revista Science, encontró más de 300 cambios genéticos que hacen que el genoma del virus del ébola del brote de 2014 sea distinto del genoma vinculado con brotes previos de ébola y encontraron variaciones de secuencia que indican, a raíz de las muestras secuenciadas, que el brote de EVD comenzó a partir de una única introducción en los seres humanos y se propagó posteriormente de persona a persona durante muchos meses.
Las variaciones que identificaron eran con frecuencia en regiones de las proteínas de codificación del genoma. Parte de la variación genética detectada en estos estudios puede afectar los cebadores o iniciadores, los puntos de partida de la síntesis de ADN, que se utilizan en las pruebas de diagnóstico basadas en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), haciendo hincapié en la importancia del control genómico y la necesidad de vigilancia.
Para acelerar los esfuerzos de respuesta, el equipo de investigación publicó las secuencias en la base de datos de secuencias de ADN del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI), en Estados Unidos, por lo que estos datos están disponibles para la comunidad científica mundial. 'Al hacer que los datos estén inmediatamente a disposición de la comunidad, esperamos acelerar los esfuerzos de respuesta', afirma el coautor principal Pardis Sabeti, miembro asociado senior en el Instituto Broad y profesor asociado en la Universidad de Harvard.
El brote del Zaire (EBOV) de 2014 no tiene precedentes tanto por su tamaño como por su aparición en múltiples áreas pobladas, en contra de brotes anteriores que en su mayoría se localizaron en regiones escasamente pobladas del oriente de África, con el brote más grande en 1976, con 318 casos. El brote de 2014 se ha manifestado en el África occidental más densamente poblado y desde que se detectó por primera vez en Guinea el pasado marzo, se han registrado 2.240 casos con 1.229 muertes (hasta el 19 de agosto).
El equipo de investigación multiplicó por cuatro veces la cantidad de datos genómicos disponibles sobre el virus del ébola y empleó la técnica de 'secuenciación profunda' en todas las muestras disponibles.
En este estudio, los investigadores secuenciaron un promedio de 2.000 veces cada genoma del ébola para tener una visión muy cercana de los genomas del virus en 78 pacientes. Este punto de vista de alta resolución permitió al equipo detectar múltiples mutaciones que alteran las secuencias de proteínas, blancos potenciales para el diagnóstico futuro, vacunas y terapias.
Las cepas de ébola responsables del actual brote probablemente tienen un ancestro común, que se remonta a la primera epidemia registrada en 1976. Los investigadores también rastrearon la ruta de transmisión y las relaciones evolutivas de las muestras, descubriendo que el linaje responsable del brote actual se separó de la versión del virus del Oriente de África durante los últimos diez años y se extendió desde Guinea a Sierra Leona por 12 personas que habían asistido al mismo funeral.
El equipo catalogó 395 mutaciones, más de 340 de ellas que distinguen el brote actual de los anteriores y más de 50 diferentes del brote de África Occidental. 'Hemos descubierto más de 300 pistas genéticas sobre lo que diferencia a este brote de otros anteriores', resume Stephen Gire, científico de investigación en el laboratorio Sabeti en el Instituto Broad y Harvard.
'Aunque no sabemos si estas diferencias se relacionan con la gravedad del brote actual, al compartir estos datos con la comunidad de investigación, esperamos acelerar la comprensión de esta epidemia y apoyar los esfuerzos mundiales por contenerla', adelanta.